La Coordinación de Cultura y Turismo del Gobierno de la Ciudad de Nogoyá recuerda que, a través de la iniciativa de la concejal en ese entonces, Virginia Quinodoz (UCR), la comuna de Nogoyá lanzó un concurso donde podían participar personas nativas o con una residencia mayor a 10 años en Nogoyá para crear una bandera distintiva de la localidad que generara pertenencia e identidad. Fue así que por Decreto del Departamento Ejecutivo Nº585 el 27 de septiembre de 2004 se crea una comisión integrada por referentes de distintos sectores, concejales, integrantes de la Asociación Cultural de Nogoyá y el área de Cultura para la creación de la bandera Municipal de Nogoyá.
La comisión convocó a un concurso para la presentación de trabajos y conformó un jurado de especialistas que fueron los encargados de la elección, quienes determinaron como trabajo ganador al presentado por Germán Kainer, oriundo de Nogoyá, quien en su proyecto presentaba las características de su diseño.
En el marco de ese detalle, el joven alegó que la franja horizontal de color rojo en la parte superior simboliza el federalismo y la otra franja de igual tamaño, de color verde, la producción agropecuaria. Ambas franjas están unidas por otra de menor dimensión con los colores y la disposición de la Bandera Nacional, separada de las otras dos con otra franja angosta de color blanco, simbolizando los colores patrios. En el margen izquierdo y centrada, una esfera blanca simbolizando pureza y la producción tambera, en cuyo interior figuran el contorno del Departamento Nogoyá con la ubicación precisa de la ciudad dentro del mismo, un medio engranaje amarillo representando la producción agroindustrial y tres signos identificatorios del agua.
Fue así que, el 5 de julio de 2005 a través de la ordenanza N.º718, promulgación N.º399, se adopta la Bandera de Nogoyá para ser utilizada en actos y lugares donde sea necesario identificar a la ciudad.